A origem do cupcake de cenoura é incerta, mas acredita-se que tenha surgido na Inglaterra, por volta do século XVIII. Naquela época, as pessoas usavam o que tinham disponível em casa para preparar seus bolos, e a cenoura era uma alternativa popular para o açúcar, que era escasso e caro.
O cupcake como conhecemos hoje em dia, com sua massa fofa e cobertura cremosa, surgiu nos Estados Unidos no século XIX, quando os bolos pequenos começaram a ser assados em xícaras individuais. Foi somente na década de 1950 que os cupcakes se popularizaram ainda mais, principalmente entre as crianças, quando começaram a ser decorados com confeitos coloridos e coberturas açucaradas.
Com o tempo, as receitas de cupcakes foram sendo aprimoradas e novos sabores foram sendo adicionados, incluindo a cenoura, que se tornou uma opção popular por ser uma forma de adicionar mais nutrientes e fibras à sobremesa. Hoje em dia, o cupcake de cenoura é uma das variedades mais populares e pode ser encontrado em diversas padarias e cafeterias ao redor do mundo.